[bogdan@bit misc]$ diff -y Input_FPGA2_REF.pin Input_FPGA2_REF_2NewPins.pin | grep '|' > Input_FPGA2_NewPinsDiff
[bogdan@bit misc]$ more Input_FPGA2_NewPinsDiff
 -- Copyright (C) 1991-2012 Altera Corporation                |  -- Copyright (C) 1991-2013 Altera Corporation
 -- VCCPGM        : Dedicated power pin for configuratio      |  -- VCCPGM        : Dedicated power pin for configuration, wh
Quartus II 64-Bit Version 12.1 Build 177 11/07/2012 SJ F      | Quartus II 64-Bit Version 13.1.0 Build 162 10/23/2013 SJ Full
SFP_Tx(n)                    : AA31      : output : 1.5-      | GXB_NC                       : AA31      :        :          
SFP_Tx                       : AA32      : output : 1.5-      | GXB_NC                       : AA32      :        :          
SFP_Rx(n)                    : AB33      : input  : 1.5-      | GND                          : AB33      :        :          
SFP_Rx                       : AB34      : input  : 1.5-      | GND                          : AB34      :        :          
TDO                          : AC28      : output :           | altera_reserved_tdo          : AC28      : output : 3.0-V LVT
TDI                          : AC29      : input  :           | altera_reserved_tdi          : AC29      : input  : 3.0-V LVT
TMS                          : AF30      : input  :           | altera_reserved_tms          : AF30      : input  : 3.0-V LVT
DCLK                         : AM32      : bidir  :           | DCLK                         : AM32      :        :          
AS_DATA3, DATA3              : AM33      : input  :           | AS_DATA3, DATA3              : AM33      :        :          
nCSO, DATA4                  : AM34      : input  :           | nCSO, DATA4                  : AM34      :        :          
TCK                          : AN32      : input  :           | altera_reserved_tck          : AN32      : input  : 3.0-V LVT
AS_DATA1, DATA1              : AN33      : input  :           | AS_DATA1, DATA1              : AN33      :        :          
AS_DATA0, ASDO, DATA0        : AN34      : input  :           | AS_DATA0, ASDO, DATA0        : AN34      :        :          
AS_DATA2, DATA2              : AP33      : input  :           | AS_DATA2, DATA2              : AP33      :        :          
nCONFIG                      : C33       : input  :           | nCONFIG                      : C33       :        :          
CONF_DONE                    : C34       : bidir  :           | CONF_DONE                    : C34       :        :          
MSEL0                        : D34       : input  :           | MSEL0                        : D34       :        :          
MSEL1                        : H30       : input  :           | MSEL1                        : H30       :        :          
MSEL2                        : K30       : input  :           | MSEL2                        : K30       :        :          
MSEL3                        : M29       : input  :           | MSEL3                        : M29       :        :          
MSEL4                        : M30       : input  :           | MSEL4                        : M30       :        :          
GND                          : W26       :        :           | gx_pll_refclkin4             : W26       : input  : 1.5-V PCM
GND                          : W27       :        :           | gx_pll_refclkin4(n)          : W27       : input  : 1.5-V PCM
GXB_NC                       : W31       :        :           | SFP_Tx(n)                    : W31       : output : 1.5-V PCM
GXB_NC                       : W32       :        :           | SFP_Tx                       : W32       : output : 1.5-V PCM
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GND                          : Y34       :        :           | SFP_Rx                       : Y34       : input  : 1.5-V PCM
[bogdan@bit misc]$